“เจดีย์พระปัญญา” หรือ “วิหารพระปัญญา” อันเป็นเจดีย์ใหญ่องค์หนึ่งในหมู่เจดีย์รายในฝั่งตะวันตกนั้น ตามประวัติของพระเจดีย์ปัญญา สันนิษฐานว่าน่าจะสร้างพร้อมกันกับพระบรมธาตุ แต่อาจได้รับการซ่อมแซม ดัดแปลงในยุคสมัยอยุธยา จนเป็นอย่างที่เห็นในปัจจุบัน แต่เดิม พระเจดีย์องค์นี้ เป็นที่ประดิษฐานของ “พระปัญญา” อันเป็นฉายา เอกะทัตคะของ “ พระสารีบุตรเถระ ” อัครสาวกเบื้องขวา ธรรมเสนาบดีผู้เลิศด้วยปัญญา ซึ่งแต่เดิมภายในพระเจดีย์องค์นี้ มีรูปปั้นของพระสารีบุตรเถระ และเป็นเจดีย์ที่อุทิศให้แก่พระสารีบุตร

กาลต่อมาเมื่อมีการซ่อมแซม มีการดัดแปลงรูปปั้นพระสารีบุตรเป็นพระพุทธรูป ปางมารวิชัย ขัดสมาธิราบ ขนาดหน้าตัก 59 นิ้ว ลงรักปิดทองทั้งองค์แทน คนทั่วไปมักเรียกกันว่า “พระปัญญา” หรือ “พระออกเสื้อ” และได้มีการซ่อนสมบัติไว้บนเพดานทางเข้า และเป็นที่มาของลายแทง และการเดินถอยหลังออกมา เพื่อมิให้เห็นช่องซ่อนสมบัติที่อยู่ด้านบน

สำหรับอิทธิคุณที่เชื่อถือกันสืบมาของพระปัญญาภายในเจดีย์ ชาวนครศรีธรรมราช ยุคโบราณจักนิยมพาลูกจูงหลานที่เล่าเรียนในระดับต่าง ๆ นำเอาดอกไม้ธูปเทียนมาสักการะ เป็นอามิสบูชาแก่พระปัญญา เพื่อให้ผลานิสงส์ผลบุญ ทำให้เกิดความเลิศด้านสติปัญญาเฉียบแหลมเหมือนพระสารีบุตรมหาเถระ ทุกวันมักจะมีผู้ที่รู้อิทธิคุณของพระปัญญา แวะเวียนมาสักการะอยู่เสมอ และเจดีย์พระปัญญา หากขบคิดกันเล่น ๆ ว่าเป็นเจดีย์ของพระอัครสาวกของพระพุทธเจ้า อันพระบรมธาตุนั้นแทนพระพุทธองค์ผู้ทรงแจ้งโลกแล้ว จะเป็นไปได้ไหมว่า ? เจดีย์หลังวิหารสามจอม เจดีย์สี่กา และเจดีย์ใหญ่ในทิศหรดี แต่เดิมอาจเป็นเจดีย์ที่แทนพระอัครสาวกทั้ง 4 อันได้แก่ พระสารีบุตร, พระโมคคัลลาน์, พระมหากัสสปะ, พระอานนท์ ก็เป็นได้ นี่เป็นปริศนาที่ต้องขบคิดกันต่อไป อาจพอเป็นไปได้ ที่เจดีย์ใหญ่ประจำมุมทั้งสี่ของพระบรมธาตุในหมู่เจดีย์ราย อาจเป็นเจดีย์ของพระอัครสาวก (ภูมิ จิระเดชวงศ์, 2566)

ซึ่งในบริเวณหน้าประตูของเจดีย์พระปัญญามีการจารึกตัวอักษรไว้ดังนี้ คือ “เจดีย์ขนาดย่อมภายในเขตพระวิหารคต มีลักษณะแตกต่างจากองค์อื่นๆ ฐานด้านตะวันออกเจาะเป็นช่องประตูมีทางเดินเข้าออกแคบๆ ภายในประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้นปางมารวิชัย กล่าวกันว่ามีลายแทงโบราณกำกับไว้ว่า “ถอยหลังเข้าไป เหล็กในแทงตา หันหน้าออกมา กาขี้ใส่หัว” เพื่อกำชับให้เดินหันหน้าเข้าไปและถอยหลังออกมา ต่อมามีผู้ฝืนลายแทง จึงพบขุมทรัพย์ที่หลืบบนเพดาน เต็มไปด้วยทองลิ่มและทองรูปพรรณ กล่าวกันว่านี้เป็นปริศนาธรรมสำหรับผู้มีปัญญาที่จะไม่ทำตามๆ กันอย่างไม่มีเหตุผล จึงจะเป็นผู้พบขุมทรัพย์” (วัดพระบรมธาตุวรมหาวิหาร)

ชาวนครแต่โบราณมีความเชื่อต่อ ๆ กันมาว่า พระปัญญาองค์นี้มีความศักดิ์สิทธิ์ ทำให้เกิดความเลิศด้านสติปัญญาเฉียบแหลมเหมือนพระสารีบุตรมหาเถระ ผู้ใดใคร่จะมีปัญญาให้มาบนบานขอพร โดยเอามือไปแตะที่พระอุระแล้วกลับมาแตะที่อกตนเอง เป็นทำนองว่าได้ปัญญาจากพระแล้ว ปัจจุบันผู้ที่มาบนบานส่วนใหญ่มักเป็นนักเรียนนักศึกษา เพราะเชื่อกันว่าบนบานทำให้มีความจำในการเรียนหนังสือมากขึ้น หรือฉลาดทันคนขึ้น