ลำต้น มีลักษณะคล้ายกับต้นตาลโตนด ต้นลาน ต้นปาล์ม และต้นมะพร้าว ลำต้นตรงไม่มีหนาม เมื่อเจริญเติบโตเต็มที่ จะมีความสูงประมาณ 10 – 12 เมตร เส้นผ่าศูนย์กลางลำาต้นประมาณ 35 – 60  เซนติเมตร ขึ้นอยู่กับสภาพของพื้นที่และความอุดมสมบูรณ์ของดินใบ จัดเป็นพืชใบเลี้ยงเดี่ยว ลักษณะใบประกอบแบบขนนก ก้านใบสาคูจะมีความยาว 5 – 8 เมตร แต่ละก้านใบจะมีใบย่อยประมาณ 100 – 190

          ใบ แยกออกจากก้านใบเป็นคู่ๆ ประมาณ 50 – 80 คู่ และแต่ละใบย่อยมีความยาวประมาณ 60 – 80 เซนติเมตร ความกว้างของแผ่นใบประมาณ 5 เซนติเมตร การเจริญเติบโตในระยะกระจุกใบของสาคูจะออกใบใหม่ 2 ใบต่อเดือน ระยะเป็นต้นจะออกใบใหม่ 1 ใบต่อเดือน ระยะออกดอกจะออกใบใหม่ 2 ใบต่อเดือน บริเวณก้านใบมีปมเป็นเสี้ยนตลอดก้าน เมื่อเข้าสู่ระยะติดผลต้นสาคูจะไม่ออกใบใหม่อีก

            ราก เป็นฝอยเช่นเดียวกับรากพืชตระกูลปาล์มทั่วไป เป็นพืชรากตื้นอยู่บริเวณผิวดิน และหยั่งลึกลงไปในดินไม่เกิน 1 เมตร มีรากย่อยจำนวนมาก ส่วนหนึ่งจะเป็นรากอากาศอยู่เหนือน้ำหรือผิวดินเพื่อช่วยในการหายใจ โดยระบบรากจะเป็นตัวช่วยในการกรองตะกอน อินทรียวัตถุต่างๆ เพื่อใช้เป็นอาหารในการเจริญเติบโตของต้นสาคูต่อไป สาคูเป็นพืชที่แตกหน่อออกจากรากเหง้าของต้นเดิม รากเหง้านี้จะค่อย ๆ เจริญเติบโตและทอดยาวอยู่เหนือผิวดินทางด้านข้างของต้นเดิม แขนงรุ่นหลังจะค่อย ๆ อยู่ห่างจากแขนงรุ่นแรก ๆ ในด้านที่อยู่คนละทางกับต้นเดิมทั้ง 3 ด้าน เรียกรากเหง้าที่ค่อย ๆ ลอยตัวและโตขึ้นนี้ตามภาษาถิ่นภาคใต้ว่า “หัวหมก”